Hội đồng cơ mật đầu tiên được thành lập vào ngày 8 tháng 5 năm 1874 bởi nghị quyết của Hoàng gia dưới triều vua Chulalongkorn (Rama V). Vị vua được giáo dục tại Phương Tây đã áp dụng hệ thống chính trị vào vương quốc mình.Ban đầu Hội đồng có tên là "Hội đồng cơ mật của Xiêm" (Tiếng Thái: ที่ปฤกษาในพระองค์, thi prueksa nai phra ong) (gồm có 49 thành viên) và Hội đồng Nhà nước (12 thành viên sau đổi thành Hội đồng Bộ trưởng) (Tiếng Thái:รัฐมนตรี สภา, ratthamontrisapha). Hội đồng Cơ mật được lập ra để đối phó với các vấn đề pháp lý sau này trở thành Nội các.

Vajiravudh (Rama VI) lên ngôi năm 1910 đã thành lập Hội đồng Cơ mật của riêng mình gồm có 40 thành viên và đổi tên thành "Hội đồng Cơ mật Nhà nước" (Thai: สภากรรมการองคมนตรี, sapha kammakan ongkhamontri). Trong 15 năm trị vì của ông,ông liên tục bổ nhiệm thêm người mới vào Năm mới (ngày 4 tháng 4), sau khi ông qua đời (1925) Hội đồng có tổng cộng 233 thành viên.

Prajadhipok (Rama VII) lên ngôi thay cho người anh của mình quyết định sửa đổi hoàn toàn cơ cấu hiện tại và lập ra 3 Hội đồng:

• " Hội đồng tối cao của Nhà nước Xiêm "(Tiếng Thái: อภิรัฐมนตรี สภา, aphiratthamontrisapha) gồm 5 Hoàng tử cao cấp tương đương với Hội đồng Nhà nước
• "Hội đồng Thư ký" (Tiếng Thái: เสนาบดีสภา, senabodisapha) tiền thân là Hội đồng Bộ trưởng.
• "Hội đồng Cơ mật Nhà nước"

Vai trò của Hội đồng Cơ mật chỉ còn là Lập pháp.Hội đồng Tối cao trở thành cơ quan cố vấn chính của Quốc vương Prajadhipok.

Ngày 24 tháng 6 năm 1932, một nhóm tự gọi là Khana Ratsadon (Đảng Nhân dân) với quân đội, nắm quyền tại Bangkok. Họ đơn phương bãi bỏ chế độ quân chủ chuyên chế, thay đổi Xiêm thành nước Quân chủ lập hiến và yêu cầu Quốc vương Prajadhipok ban hành bản Hiến pháp mới cho người dân Thái Lan. Quốc vương buộc phải ban hành một bản hiến pháp 'tạm thời' trong tháng và thay thế vĩnh viễn vào tháng 12 cùng năm. Nhóm Khana Ratsadon, nắm quyền quyết định bãi bỏ Hội đồng tối cao và Hội đồng Cơ mật thay thế Hội đồng Thư ký bằng Ủy ban nhân dân Xiêm.

Mãi sau 15 năm sau,năm 1947 hiến pháp của Xiêm tái lập Hội đồng Cơ mật dưới triều vua Bhumibol, với một sự thay đổi tên thành "Hội đồng tối cao của Nhà nước" (Tiếng Thái: คณะอภิรัฐมนตรี, khana aphiratthamontri). Hội đồng này tồn tại trong khoảng thời gian 1947-1949 và bao gồm:

• Hoàng tử Rangsit Prayurasakdi, Hoàng tử của Chainat, Chủ tịch Hội đồng
• Hoàng tử Dhanivat Bidyalabh Bridhyakon
• Hoàng tử Longkorn Adireksorn Udomsakdi
• Phraya Manovaratsevi
• Đại tướng Cảnh sát Adul Adulyadejchrat

Hiến pháp 1949 đã quyết định đổi tên Hội đồng được thành "Hội đồng cơ mật Thái Lan" (Tiếng Thái: สภาองคมนตรี, sapha ongkhamontri, hoặc คณะองคมนตรี,khana ongkhamontri). Hội đồng Cơ mật hiện tại được tạo bởi Hiến pháp 2007.